Funeral Blues

Daí que ontem estava com vontade de ler algum livro. Escolhi da minha estante de madeira antiga o "Werther", do Goethe. A primeira vez que o li tinha 15, 16 anos. A segunda já tinha uns 19 e a última, bem...
A história, já bem conhecida é sobre um jovem apaixonado pela vida e a natureza, O Werther que mais tarde conhece uma jovem, Carlota e se apaixona pela moça. Mas ela já esta comprometida, e mesmo assim o pobre jovem vive dias lindos de esperança e tudo que vem junto com esta. Até que percebe que nada pode fazer. Sabe aquela sensação de impotência? que nada do que a gente disse ou demonstrar adianta? então... O livro termina com o seu suicídio.
Comecei ontem a noite e o terminei ontem mesmo, nao tenho a mínima idéia da hora (de madrugada não gosto de saber que horas são, talvez por saber que outro cansativo dia já se aproxima).
Um filme muito bom que vi esses tempos foi o ultimo do Woody Allen, sobre um físico cheio de manias, que conhece uma garota, muitos anos mais nova e aprende a gostar dela aos poucos... Mas, como nada dura, um dia ela chega perto dele e diz que esta apaixonada por outro. Ele diz algo como: "Eu entendo, entendo perfeitamente. Minha querida, consigo entender a mecânica quântica...". Ele tenta o suicídio duas vezes.

Geralmente, as mulheres quando cometem o suicídio, o fazem cortando os pulsos (uma maneira bagunçada, mas muito poética, onde o ideal e cortar no sentido das artérias) ou tomando calmantes misturados a uma bebida doce... Os homens são mais brutos e barulhentos, usam do fogo das armas, desfigurando o seu rosto.
Penso que existem coisas muito legais lá fora. Que é incrível viver nessa época, onde estamos visitando de verdade outros planetas e luas. Que estamos no início de um estudo profundo sobre as bases do fênomeno Vida. Que existem bilhões de pessoas aí fora, no meu bairro e cidade...
Muito triste deixar tudo isto para trás...
Acho que quando entendemos a fundo alguma coisa qualquer, desde a vida sexual de termites na Tazmania ou a nucleossíntese de elementos pesados nas estrelas, a mísera compreensão de um micromundo, reflete o que acontece no macro. Daí a crueza dos dias e a dureza das horas tocam mais fundo num loop contínuo uma canção um tanto sombria...

No enterro ao final do filme "Quatro casamentos e um funeral" um personagem lê o poema de W. H. Auden, "Funeral Blues". Aqui traduzido por Nelson Ascher.

Que parem os relógios, cale o telefone,
jogue-se ao cão um osso e que não ladre mais,
que emudeça o piano e que o tambor sancione
a vinda do caixão com seu cortejo atrás.

Que os aviões, gemendo acima em alvoroço,
escrevam contra o céu o anúncio: ele morreu.
Que as pombas guardem luto — um laço no pescoço —
e os guardas usem finas luvas cor-de-breu.

Era meu norte, sul, meu leste, oeste, enquanto

viveu, meus dias úteis, meu fim-de-semana,
meu meio-dia, meia-noite, fala e canto;
quem julgue o amor eterno, como eu fiz, se engana.

É hora de apagar estrelas — são molestas —

guardar a lua, desmontar o sol brilhante,
de despejar o mar, jogar fora as florestas,
pois nada mais há de dar certo doravante.

Obs: se conhece algum amigo especial que esteja pensando nisto, faça o possível para o fazer mudar de idéia.

As cores de uma sombra

Reproduzindo o chamado publicado no Coletivo ácido acético, sobre a paletra "Belas aplicações da Teoria das Cores de Young-Helmholtz: As sombras coloridas e as cores da Lua cheia" a ser realizada dia 18 de maio (terça-feira), às 19h, na Sala Multimeios do Planetário, ministrada pelo Prof. Fernando Lang da Silveira, do Instituto de Física da UFRGS, com entrada franca:

Resumo: A Teoria das Cores de Young-Helmholtz remonta ao início do século XIX e está concretizada, por exemplo, na tela dos nossos televisores e computadores. O preconceito de que as sombras não têm cores é revelado falso quando observamos o interessante efeito das sombras coloridas. Essa é apenas uma das aplicações de um conhecimento cujos fundamentos já possui mais de 200 anos.


Vide uma apresentação sobre as sombras coloridas aqui.

Veja a nota original aqui.

Imagem: as cores da sombra durante um oficina sobre a biofísica da visão e evolução do Olho que ministrei com colegas na Unisinos, ano passado.

A mosca e o Jarro

Encerro meus experimentos no "Jarro de moscas". Não eram poemas e tão pouco poesia... Está na hora das larvas virarem moscas. Acho que era isso, um monte de larvas em forma de palavras, seladas e alimentadas nas horas certas.
Se quiserem conhecer ou se despedir fiquem a vontade. Talvez hoje ou amanhã abrirei a tampa do pote...

Obrigado a todos que leram, comentaram e sentiram alguma coisa, mesmo que seja repulsa ao ler uma hibridização frustrada talvez, de ciência e poesia.
E por último, um suspiro final disso que nao foi uma coisa nem outra, e sim algo no meio e diferente:

O Drosophilista:

"Querida e doce inflamação
escureça um pouco mais o meu pulmão
arranque os pedaços mais vermelhos
transforme minha carne em seu espelho
a sua tinta absorveu-me como papel
vou contar as moscas percorrendo o céu
e só tenho isso a te dizer
te adorei em nível atômico, molecular
um cadeado te prendeu num rio
e só com ele você soube amar...
E no fim, não merece nem um pouco de minha atenção

nem da quarta cavidade do meu coração."

Sobre a mecânica de dois ungulados

Quando alguém discorre a respeito de um assunto que não domina, corre o risco de ser superficial, simplório e equivocado. Sempre gostei de arte, antes mesmo de pensar nas coisas do universo natural (bem, o que fica de fora?) mas não sei definir se algo é arte ou não, e talvez mesmo os artistas não se preocupam com isto, em ter essa definição, mas não saberia dizer...O que posso dizer é que certas obras me agradam mais que outras, estéticamente. E se um artista diz que isto ou aquilo é arte, assim é. Perceba minha insegurança a falar a respeito...

Meu campo é a ciência. Estou familiarizado com seus métodos e linguagens, assim consigo definir de uma forma satisfatória se um assunto é científico ou não. E o fato de ser científico ou não ser, nao torna algo menos verdadeiro, importante ou interessante. Acho que consigo conviver com isto, com essa incerteza e imprecisão de algumas coisas, mesmo elas tendo sentido ou não...
Incríveis as esculturas do artista Sayaka Kajita Ganz que utilizou materiais reciclados para a confecção dos ungulados que decidi compartilhar aqui no meu espaço...

Via: Chris Tyrell's Blog

Do fundo do oceano para o sushi, e do sushi para o fundo do estômago

ResearchBlogging.org
Para se apreciar um bom sushi como manda o figurino é preciso dominar a técnica dos "pauzinhos" hashis, o que o povo Japonês, os mestres zen da arte de fazer e saborear este tipo de comida, domina com maestria. O tipo mais simples é o de arroz enrolado com algas "nori", geralmente da espécie Porphyra sp., e também para preparar este prato existem certas técnicas especiais...

Mas eu gostaria de lhes apresentar uma nova técnica milenar e molecular descoberta recentemente, que os japoneses possuem para comer (na verdade digerir) o sushi: São genes de bactérias, que somente existem no microbioma (nome técnico do nicho bacteriano do estômago) desta população. Estes genes codificam enzimas capazes de quebrar os carboidratos complexos da alga nori, para serem assimilados e utilizados no metabolismo humano. A responsável por isto é a Bacteroides plebeius que desempenha esta valorosa função, mas o detalhe é que estes genes estão ausentes em bactérias terrestres, e somente são encontrados em espécies que vivem no fundo mar!

Bacteroides hypermegas

Como essas prosaicas trabalhadoras estomacais adquiriram tal refinada ferramenta molecular? de acordo com a hipótese de Jan-Hendrik Hehemann e colaboradores que realizaram a análise metagenômica destes dados, foi através da boa, velha e já conhecida por leitores deste blog, Transferência horizontal gênica... A dona original deste arcabouço genético é a bactéria marinha, Zobellia galactanivorans, que vive em associação com algas, principalmente "nori".
Acompanhe novamente comigo: os genes da bactéria marinha das algas, que são enroladas para fazer sushi, e compõe a dieta diária no Japão, vão parar dentro do estômago e são "engolfados " no genoma de bactérias que lá vivem e auxiliam na digestão das mesmas algas que carregaram os genes para estas bactérias... Depois desse conto gastronômico e evolutivo, não deu uma vontade de comer sushi?

Eu sei que vocês preferem assim, seus malandros...

Para ler mais detalhes: Not exactly rocket science, Wired
Imagens: aqui, aqui e daqui.

Esta postagem é parte do #PremioBeNeviani e encerra a série especial patrocinada pelos amigos de Wigner sobre o fenômeno da Transferência Horizontal Gênica.

Referência: Hehemann JH, Correc G, Barbeyron T, Helbert W, Czjzek M, & Michel G (2010). Transfer of carbohydrate-active enzymes from marine bacteria to Japanese gut microbiota. Nature, 464 (7290), 908-12 PMID: 20376150

Prêmio Bê Neviani - Porque não basta divulgar, tem que dispersar!

Depois do recente anúncio feito pela vetusta Biblioteca do Congresso (Library of Congress), comunicando que arquivará todas as mensagens públicas postadas no Twitter desde o início do serviço de microblog, não restam dúvidas de que esta mídia social veio para ficar.
Segundo os cofundadores Bizz Stone e Evan Williams, hoje o Twitter tem 105 milhões de usuários registrados, e 300 mil novos usuários ingressam no serviço a cada dia. Seu crescimento médio foi de 1.500% por ano, desde a fundação da "Twitter Inc" em março de 2006. O serviço atende a 19 bilhões de buscas por mês. Apenas comparando, o Google atende a 90 bilhões no mesmo período.
Não se pode negar - o Twitter é uma ferramenta 2.0 por excelência: seu conteúdo é gerado e compartilhado pelos próprios usuários. A dinâmica do microblog funda-se primordialmente na atuação dos tuiteiros, que seguindo e sendo seguidos, dispersam conteúdos virtuais.
A ação de tuiteiros que dispersam conteúdos relevantes no universo tuitiano merece destaque e deve ser aplaudida. Foi essa premissa que inspirou a criação do Prêmio Bê Neviani, reconhecendo a incrível capacidade de dispersão de tuítes com conteúdo diversificado, como cultura, ciência, tecnologia, notícias e muito mais, do perfil @Be_neviani.

Nunca houve uma tuiteira como @Be_neviani

Hoje, dia 22 de abril de 2010, estamos lançando o
Prêmio Bê Neviani: porque não basta divulgar, tem que dispersar

Regulamento:

- O Prêmio Bê Neviani é aberto a todos os tuiteiros que tenham blogues de conteúdo informativo: ciências, cultura (literatura, cinema, artes, fotografia, música, etc), filosofia, notícias, dicas e assemelhados.

- Os blogues participantes da campanha tuitarão, no período de 23 de abril de 2010 a 23 de maio de 2010 links para seus posts, publicados em qualquer data e com qualquer temática, obrigatoriamente usando a hashtag #PremioBeNeviani e o encurtador de links Bit.ly.

- No período de vigência da campanha, os retuítes (RTs) que os links desses posts receberem serão computados para a apuração de dois ganhadores, um em cada uma das duas seguintes categorias:

Categoria 1: blogueiros – o vencedor será o blogueiro cujo post recebeu mais RTs. O prêmio dessa categoria será o livro “Criação Imperfeita”, de Marcelo Gleiser.

Categoria 2: tuiteiros – o vencedor será o tuiteiro que deu RTs em qualquer dos tuítes postados durante a vigência da campanha. Essa categoria terá sua apuração por sorteio. O prêmio para essa categoria será o livro “Além de Darwin”, de Reinaldo José Lopes.

O anúncio do prêmio será em 30 de maio de 2010, pelo Twitter.

Para participar, envie um tuíte para as administradoras @sibelefausto ou @dra_luluzita, ou então comente aqui, que entraremos em contato.

Abaixo, segue a relação dos blogues e tuiteiros participantes. À medida que mais blogueiros aderirem a essa campanha, essa listagem será atualizada.

Blog - Blogueiro-tuiteiro

100nexos @kenmori

Amiga Jane @lacybarca

Blog Bastos @bastoslab

CeticismoAberto @kenmori

Chapéu, Chicote e Carbono 14 @reinaldojlopes

Ciência na Mídia @ciencianamidia

Discutindo Ecologia @brenoalves e @luizbento

Dicas Caseiras para quem mora só @uoleo

Ecce Medicus @Karl_Ecce_Med

Efeito Azaron @efeitoazaron

Ideias de Fora @IdeiasdeFora

Joey Salgado... mas bem temperado @joeysalgado

Karapanã @alesscar

Maquiagem Baratinha @aninhaarantes

Meio de Cultura @samir_elian

Minha Literatura Agora @jamespenido

O Amigo de Wigner @LFelipeB

O divã de Einsten @aninhaarantes

O que todo mundo quer @desireelaa

Química Viva @quiprona

Quiprona @quiprona

Rabiscos @skrol

Tage des Glücks @nataliadorr

Tateando Amarras @eltonvalente

Terreno Baldio @lacybarca

Twiterrorismo @aninhaarantes

Uma Malla pelo Mundo @luciamalla

Uôleo @uoleo

Bala Mágica @balamagica

Ciência ao Natural @CienAoNatural

Diário de um Gordo @Edgard_

Psiquiatria e Sociedade @danielmbarros

The Strange Loop @josegallucci

Toda Cultura à Nossa Volta @fabiocequinel

Tuka Scaletti @TukaScaletti

XisXis @isisrnd

Imagem: Roubei do Joey

Parasitismo de palavras

Ando meio desligado dos meus blogs, twitter e todo o resto por uma boa causa, estou trabalhando num projeto a ser apresentado na semana científica da minha universidade, então por ora nada de atualizações, desculpe pessoal...
Mesmo assim, uma leitura aqui e ali encontrei por acaso este blog o "Whateaver", via "Ocioso" este blog que descaradamente plagiou (kibada) meu texto sobre a Elysia chlorotica, a lesma fotossintetizante. O "manolo" não se deu ao trabalho nem de mudar uma palavra ou outra, nem mesmo a foto... Enfim, não me admira que outros blogs reconheçam seus textos por lá. Não custa nada colar uma referência não é? cuidando com o parasitismo na blogosfera meus amigos...


Imagem: Mosca parasitando uma formiga. National Geographic

A origem do código genético via transferência horizontal?

ResearchBlogging.org
O que é vida? vida é bactéria. Elas já estavam aqui, permaneceram, vão continuar até o Sol evaporar os últimos aceanos do nosso planeta e, aposto uma grana alta que até depois dessas transformações holocausticas que o mundo como o conhecemos irá atravessar, elas ainda vão estar dando as caras.
No mesmo momento que Neil Armstrong pisou na Lua, possíveis bactérias "pisaram" também: A famosa frase poderia ser pervertida da seguinte forma" É um pequeno passo para o homem , mas um grande salto para a Bactéria".
No artigo “Collective evolution and the genetic code” da revista PNAS, em 2006, o físico e microbiologista Carl Woese, que ficou conhecido por defender uma nova classificação dos organismos vivos em três domínios, Archaea, Bacteria e Eukarya em 1977, utilizando técnicas da bioquímica, cunhou o termo "Evolução coletiva" para introduzir uma teoria dinâmica sobre a evolução do código genético através de mecanismos não-darwinianos, que poderiam ter ocorrido no alvorecer da vida.

O interessante que Woese e seus colaboradores não apontam um organismo único ancestral e sim uma comunidade hipotética de organismos que trocariam material genético de forma promíscua, posteriormente sendo refinados pela Seleção Darwiniana e dando origem ao código genético universal, e consequentemente ao ultimo ancestral comum a todas as espécies.

Talvez os mecanismos que "impeçam" a troca promíscua de genes não existia (na verdade até hoje é alta a permutação entre as bactérias e arquéias), por isso das poucas evidencias em eucariotos, mas se você esta acompanhando esta série de postagens aqui no seu amigo de Wigner que já esta próxima do fim, sabe que mudanças estão ocorrendo e elas não param por ai...

Nos vemos no próximo capitulo, e não esqueçam de seguirem-me os bons no twitter.

Imagem: Nature

Referências:

http://scienceblogs.com.br/discutindoecologia/2008/10/i-carnaval-cientifico-o-terceiro-dominio-da-vida.php

MARGULIS, Lynn e SAGAN, Dorion (2002). O que é vida?. Ed. Jorge Zahar.

Vetsigian, K. (2006). Collective evolution and the genetic code Proceedings of the National Academy of Sciences, 103 (28), 10696-10701 DOI: 10.1073/pnas.0603780103



A serpente interior

Você espera normalmente encontrar um pedaço de mamífero, um roedor, algum cervo e até mesmo uma vaca dentro de uma serpente, mas achar um pedaço de uma serpente dentro de uma vaca, isso é algo que você nunca esperaria encontrar! Mas foi exatamente isso que aconteceu ao longo da evolução, só que os pedaços que estamos falando pertencem aos genes de uma familia de víboras, a Viperidae que de alguma forma foram parar dentro do genoma não somente das vacas, mas de todos os mamíferos da ordem dos Ruminantia, que inclui, vacas, cervos, bodes, girafas entre outros.


Em 1997, Dusan Kordis e Franc Gubensek em pesquisas com o gene Ammodytin L que é expresso nas glândulas de veneno da serpente Vipera ammodytes, encontraram o retrotransposon ( sequências de genes que se autocopiam via transcriptase reversa para RNA e depois para DNA se integrando no genoma do hospedeiro), ART-2 que era especifico de ruminantes, denominado de Bov-B LINE numa das regiões do intron desse gene. E ai que vem a pergunta, como esse retrotransposon foi parar lá? ou será que originalmente o gene pertencia às serpentes? ou todos os vertebrados possuem esse gene?
A resposta veio após a análise filogenética da distribuição desse elemento, realizada na época, que mostrou claramente que além dos Ruminantia, ele estava presente somente na família Viperidae de serpentes, o que podia indicar mais um caso de transferência horizontal , devido a descontinuidade na história desse gene e das distâncias genéticas desses dois grupos, e isso aconteceu em um a escala de tempo aproximadamente recente, em torno de 5 milhões de anos. Mas em artigo de 1998, os mesmos pesquisadores estenderam sua busca em diversos vertebrados, invertebrados e em algumas espécies de plantas, para confirmar se realmente houve o fenômeno da transmissão horizontal, e se somente estes dois grupos de vertebrados possuíam o BOV-B LINE e chegaram ao consenso que o elemento residia no intímo do material genético que compõe a ordem Squamata (= escamados, serpentes, lagartos e anfisbenias) e a amplificação do Bov-B LINE provavelmente ocorreu durante a era Mesozóica ≈140–210 milhões de anos, no ancestral desse grupo, confirmando a possibilidade da transmissão para o ancestral dos Ruminantia há aproximadamente 50 milhões de anos atrás, durante o Eoceno, e mantida na linhagem por transferência vertical.
A estranheza destas descobertas, que fazem parte do papel desse fenômeno na evolução, é real, eu e você compartilhamos isso, mas o montante de evidências a favor dessa visão da história das espécies cada vez ganha mais corpo. É o que descobriremos nas últimas postagens dessa grande história evolucionária, da promiscuidade molecular entre as espécies. Então, sigam-me os bons...

Referências:

Kordis, D., & Gubensek, F. (1997). Bov-B Long Interspersed Repeated DNA (LINE) Sequences are Present in Vipera Ammodytes Phospholipase A2 Genes and in Genomes of Viperidae Snakes European Journal of Biochemistry, 246 (3), 772-779 DOI: 10.1111/j.1432-1033.1997.00772.x

Kordis, D. (1998). Unusual horizontal transfer of a long interspersed nuclear element between distant vertebrate classes Proceedings of the National Academy of Sciences, 95 (18), 10704-10709 DOI: 10.1073/pnas.95.18.10704


Imagem: daqui

Navegar é preciso: A rima do elemento Mariner

No ano de 1986, a equipe liderada por J.W Jacobson, isolou um novo elemento transponível , o Mariner, retirado de um mutante de Drosophila mauritiana de olhos brancos, cujo a mutação foi denominada de peach (pêssego). O elemento recebeu esse nome em referência ao antigo poema "The Rime of the Ancient Mariner" do poeta inglês Samuel Taylor Coleridge, que fala sobre um velho marinheiro que se perde em suas navegações e que passa por eventos sobrenaturais.
Esse elemento transponível é provavelmente o mais difundido entre os seres vivos, sendo encontrado na maioria dos insetos, crustáceos, aracnídeos e até mesmo no genoma humano, onde é possível encontrar o Hsmar1 fusionado a uma proteína, e em torno de ~1000 cópias do Hsmar2
( Homo sapiens mariner 2), localizado no cromossomo 17. Pesquisas recentes apontam para uma relação com doenças humanas como a Charcot-Marie-Tooth.

A transferência horizontal desse elemento possui fortes evidências de ter ocorrido em diversas espécies, como entre a mosca de chifres Hematobia irritans e o mosquito Anopheles gambiae, que divergiram evolutivamente a 200 milhões de anos atrás e que possuem 90% de identidade similar do elemento. Uma possível transferência horizontal de mariner também foi identificada entre a vespa parasitóide Ascogaster reticulatus e sua larva hospedeira, a Adoxophyes honmai, contendo similarididade de 97.6% e não sendo identificado em espécies próximas a esses grupos.


Um acontecimento importante na nossa evolução, dos primatas, foi a possível fusão entre a histona metiltransferase SET com uma enzima (transposase) de um elemento mariner o Hsmar1, que deu origem a um gene quimérico do grupo dos primatas, o SETMAR, num evento que deve ter ocorrido há 40–58 milhões de anos atrás.
Esses elementos também foram encontrados em planárias, nas hydras e em morcegos, o que torna o transposon Mariner um dos melhores navegadores do "oceano genético" que circunda a todos nós.

Referências:

Cordaux, R., S. Udit, M. A. Batzer, and C. Feschotte. 2006. Birth of a chimeric primate gene by capture of the transposase gene from a mobile element. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103:8101-8106

Mikio Yoshiyama, Zhijian Tu, Youichi Kainoh, Hiroshi Honda, Toshio Shono, and Kiyoshi Kimura: Possible Horizontal Transfer of a Transposable Element from Host to Parasitoid Mol Biol Evol 2001 18: 1952-1958

Liehr, Thomas: Localization of mariner DNA Transposons in the Human Genome by PRINS Genome Res. September 1, 1999 9: 839-843; doi:10.1101/gr.9.9.839

Imagens: Gustave Doré Art Prints . Uma curiosidade sobre Gustave Doré é que ele ilustrou a divina comédia de Dante e o Paradise Lost de John Milton.